La película toma como marco argumental las tradiciones de la isla japonesa subtropical de Amami-Oshima. Para sus habitantes, la línea entre la vida y la muerte es extremadamente difusa.

Vida y muerte están conectadas a través de los dioses de la naturaleza: el mar, las montañas, los árboles, las plantas, el agua... Para ellos, allá donde termina el mar –entre el cielo y la línea del horizonte– se encuentra el país de Neriyakanaya (fuente de abundancia): destino mítico, al cual se dirigen las almas de los muertos a disfrutar de una nueva y feliz existencia.

La película intenta reflejar aspectos como la vida y la muerte, la simbiosis entre el hombre y la naturaleza, los recuerdos de un lugar, así como el ciclo de la vida: si todos vamos a morir, ¿por qué no aprender a aceptar la muerte como algo tan inexcusable como la propia vida?.

Todos estos aspectos se ven reflejados en el film a partir de la historia del joven Kaito y su novia Kyoko. Kaito descubre el  cuerpo de un hombre flotando sobre las aguas de una playa. Asustado, sale huyendo del lugar sin comunicar a las autoridades su luctuoso hallazgo. Incluso se lo oculta a Kyoko, que, sin embargo, le ha visto correr amparado en las tinieblas de la noche. Su novia intentará ayudarle a afrontar ese descubrimiento. 

El hecho de desentrañar el misterio del cadáver hará que juntos vivan el paso de la adolescencia a la madurez, enfrentándose al despertar de la vida. Por un lado, Kaito no tacepta la separación de sus padres. Echa mucho en falta a su padre, que se ha ido a vivir a Tokio, y su madre está demasiado ocupada con el trabajo como para dedicarle todo el tiempo que el joven necesita. 

Por otra parte, Kyoko, vive con angustia la enfermedad de Isa, su madre: sabe que no le queda mucho tiempo de vida. Su padre se lo ha revelado e incluso su propia madre, postrada en la cama del hospital, le confiesa con absoluta serenidad que está preparada para irse, ya que es una chamán y para ella la muerte no es algo a lo que hay que temer.

No obstante, Kyoko es demasiado joven para entender que nada perece definitivamente, que la vida sólo es un paso más en el ciclo de la existencia. Para ella, el recuerdo de su madre, por muy fuerte que éste sea, no será suficiente para superar su perdida.

Aguas tranquilas es una película envolvente, repleta de miradas, de gestos íntimos y de silencios, que atesora asimismo la misteriosa capacidad de demostrar que la muerte, como el nacimiento, es propia de la vida.